虽然灸法很好使用，但是也有一些禁忌。传统中医认为，灸法不仅能够用来治病，而且也能预防病症，这种疗法能强化人体抵御外邪，不过，倘若灸法不当使用、用在不适合对象，也可能产生一些不良反应。
原则上，有些种情况不宜灸，第一种情况就是脸部、大血管的部位不宜灸；第二种情况就是患者过饱或过饥、比较疲劳、酒醉者皆不宜灸；第三种情况就是孕妇腹部或腰部不宜灸；第四种情况就是只要有热证、阴虚发热、阴虚阳旺者，通常都不宜使用灸法。
灸法是燃烧艾草产生温热作用，所以中医施灸的时候，必须特别注意安全，否则可能会不小心灼伤患者皮肤或衣物。使用灸法之后，倘若局部皮肤出现微红灼热、青肿瘀血、皮下出血等，这种情况属于正常现象，病人如有不适可以和医师沟通。
倘若施灸过量或时间过长，部份局部皮肤可能出现小水泡，这时病患就必须注意，水泡不可以让它破掉，要让它自然吸收掉，但是水泡较大或破皮产生红肿，这时候就必须避免遭受感染，患者最好及时回诊由医师妥善处理比较好。
中医认为，灸法既可补阳又可调阴，相当适合用于中老年人元气不足、免疫功能低下的人身上，因为施灸后可以温补元气、提高人体免疫功能，而且用途相当广泛，因此，只要稍微注意使用禁忌，患者就能安全无虞接受灸法。